La primera impresión del talento del cubano llegó en su mismo primer juego en las mayores. El 7 de abril del 2013, Fernández debutó en el Citi Field de New York con una sólida labor de cinco actos en los que abanicó a ocho rivales y solo permitió una carrera para salir sin decisión, pero con gratas impresiones por parte del cuerpo técnico.

En una fecha especial para los Estados Unidos, José Fernández despachó el primer cuadrangular de su carrera. Esto fue el 11 de septiembre de 2013. El cubano no solo sacó la bola, sino que se quedó admirando su batazo, lo que generó la molestia de los peloteros de los Atlanta Braves, quienes no dudaron en increparlo una vez que terminó de recorrer las bases, lo que terminó con los dos dugouts en el terreno de juego.

Uno de los momentos más memorables, y jocosos, de la carrera de Fernández, fue la gran atrapada que realizó ante un batazo de Troy Tulowitzki. El otrora campocorto de los Rockies conectó una línea que parecía destinada a terminar en el jardín central, sin embargo, el guante del cubano apareció en el camino, decapitando la conexión. Con una cara perpleja, Tulowitzki le preguntó a Fernández «¿Atrapaste eso?», a lo que el cubano respondió «Sí, lo hice», con una sonrisa en su rostro.

La temporada de novato fue, quizás, la mejor que vivió Fernández en las mayores y prueba de eso fue que, siendo un debutante, fue convocado al Juego de Estrellas que se llevó a cabo en el Citi Field de New York. En esa oportunidad, el cubano retiró a los tres bateadores que enfrentó, recetando un par de ponches.

Primer turno y jonrón en su regreso en 2015

Fernández tuvo que pasar por el quirófano entre las campañas de 2014 y 2015; sin embargo, su regreso fue pletórico. El 2 de julio, ante los San Francisco Giants, el cubano despachó el segundo jonrón de su carrera en su primer turno de la temporada, para hacerse sentir de gran forma con el conjunto de los Marlins.